تقع المدرسة المنجكية على الجانب الغربي للحرم الشريف من الناحية الشمالية، وهي تقع جزئيا فوق القناطر الشمالية من الرواق الغربي للحرم، ويقع مدخلها الرئيس على طريق باب الناظر المفضي إلى باب الناظر، المسمى أيضا بباب المجلس، وهو احد أبواب الحرم الشريف، ويتوسط بابي الغوانمة شمالا والحديد جنوبا.